解決方法の一例（私の場合）を、示します。


前提）これを執筆している時点では、インターネット・エクスプローラはVer９が、不安定で、Ver８が流通しております。



１．最新の Acrobat Reader をインストールします。

２．Acrobat Reader の「編集」→「設定」より、ブラウザのPDFを『開かない』設定にします。
http://edoc-proc.pref.gifu.lg.jp/howto/EPE/adobe.html

３．『PDF-XChange Viewer』をダウンロードします。
http://www.vector.co.jp/soft/winnt/writing/se492489.html

４．IE８（日本語版）をダウンロードします。
http://support.microsoft.com/kb/971414/ja

５．レジストリを一部削除し、Acrobat Reader を修復します。
http://d.hatena.ne.jp/kaorun/20091210/1260402361

６．再起動します。

７．４を参考にインターネット・エクスプローラをアンインストールします。

８．再起動します。

９．３でダウンロードした『PDF-XChange Viewer』をインストールします。
　（『無料版』でよいです）

１０．ローカルにあるPDFファイルを『PDF-XChange Viewer』で開きます。
　９をやっていれば、PDF のアイコンが『PDF-XChange Viewer』のアイコンになっているはずです。

１１．『PDF-XChange Viewer』で、ブラウザのPDFファイルを開くように設定します。
　自動的に聞いてくるはずですが、忘れた方は「編集」→「設定」からどうぞ。

１２．インターネット・エクスプローラを起動します。
　IE はアンインストールしたのですが、OS インストール時に、設定した IE が起動します。
　→　IE が完全に消えていても、問題ありません。

　これでもまだ、Web 上の PDF を開こうとするとエラーが出るはずです。

１３．汚れたレジストリを綺麗にします。
　←レジストリ・クリーナーなどを持っている人だけ

１４．『PDF-XChange Viewer』「編集」→「設定」より、PDF を『関連付けない』ように設定にします。

１５．再起動します。

１６．私の場合、ここまでやった時点で、Web 上の PDF をクリックすると PDF が別ウィンドウ（Acrobat Reader）で開けるようになりました。

１７．４でダウンロードした IE をインストールします。


こんなもんで、いかがでしょう？？？